CYP1A1, CYP1B1, GSTM1 and GSTT1 genetic variants and breast cancer risk in Mexican women / Variantes genéticas de CYP1A1, CYP1B1, GSTM1 y GSTT1, y riesgo de cáncer mamario en mujeres mexicanas

Abstract: Objective: To evaluate if variants in the genes CYP1A1 (T3801C and A4889G), CYP1B1 (G119T), GSTM1 (indel) and GSTT1 (indel) are associated with breast cancer (BC) among Mexican women. Materials and methods: 952 incident cases with histologically confirmed BC were matched by age (± 5 years) and zone of residence with 998 healthy population controls. Genetic variants in genes CYP1A1, CYP1B1, GSTM1 and GSTT1were genotyped by allelic discrimination and multiplex PCR. In a subsample of women, 105 markers for ancestry were determined. Results: An increased BC risk, independent of other BC risk factors, was observed among carriers of CYP1B1 G119T genotype (T/T vs. G/G: OR=1.9; 95%CI 1.4-2.5). Conclusion: Our results support the existence of genetic susceptibility for BC conferred by CYP1B1 G119T variant among Mexican women.

Resumen: Objetivo: Evaluar si las variantes en los genes CYP1A1 (T3801C y A4889G), CYP1B1 (G119T), GSTM1 (indel) yGSTT1 (indel), se asocian con el cáncer de mama (CM) en mujeres mexicanas. Material y métodos: Se parearon por edad (± 5 años) y zona de residencia 952 casos incidentes de CM histológicamente confirmado con 998 controles sanos poblacionales. Se genotipificaron variantes en los genes CYP1A1, CYP1B1, GSTM1 y GSTT1 por discriminación alélica y PCR multiplex. En una submuestra de mujeres, se determinaron 105 marcadores de ancestría. Resultados: Se observó un aumento del riesgo de CM, independiente de otros factores de riesgo, entre las portadoras del genotipo CYP1B1 G119T (T/T vs. G/G: RM=1.9; 95%CI 1.4-2.5). Conclusiones: Nuestros resultados soportan la existencia de susceptibilidad genética para CM conferida por la variante CYP1B1 G119T en mujeres mexicanas.

Transcriptoma en mexicanos: metodología para analizar el perfil de expresión genética de gran escala en muestras simultáneas de tejido muscular, adiposo y linfocitos obtenidas en un mismo individuo / Transciptome among Mexicans: a large scale methodology to analyze the genetics expression profile of simultaneous samples in muscle, adipose tissue and lymphocytes obtained from the same individual

Objetivo: Describir la metodología de análisis de múltiples transcritos con técnicas de microarreglo en biopsias simultáneas de tejido muscular, adiposo y sangre en un mismo individuo, como parte de la estandarización del estudio GEMM (Genética de las Enfermedades Metabólicas en México). Material y métodos: Se incluyó a cuatro sujetos con índice de masa corporal (IMC) entre 20 y 41. Se registró estatura, talla y composición corporal. Se realizó biopsia muscular (vasto lateral), de tejido adiposo subcutáneo y muestra de sangre completa. El ARN total fue extraído de los tejidos y amplificado para análisis de microarreglos. Resultados: De 48 687 potenciales transcritos, 39.4% fue detectable en al menos uno de los tejidos. La expresión de leptina no fue detectable en linfocitos, débilmente expresada en músculo, alta expresión en el tejido adiposo y correlacionó con el IMC. El GLUT4 también ilustra la especificidad para el músculo sin verse afectado por el IMC. La concordancia en la expresión de transcritos fue 0.70 (p<0.001) para los tres tejidos. Conclusiones: Fue factible cuantificar simultáneamente la expresión genética de miles de transcritos, hubo concordancia en la expresión entre diferentes tejidos obtenidos en un mismo individuo, y confiabilidad del método al reproducir las relaciones biológicas esperadas. El estudio GEMM podrá analizar las correlaciones de los transcritos expresados dentro de un órgano y luego entre diferentes tejidos, y proveerá endofenotipos cuantitativos novedosos que proporcionarán un amplio panorama de información sobre las enfermedades metabólicas, incluyendo obesidad y diabetes tipo 2.

OBJECTIVE: We describe the methodology used to analyze multiple transcripts using microarray techniques in simultaneous biopsies of muscle, adipose tissue and lymphocytes obtained from the same individual as part of the standard protocol of the Genetics of Metabolic Diseases in Mexico: GEMM Family Study. METHODS: We recruited 4 healthy male subjects with BM1 20-41, who signed an informed consent letter. Subjects participated in a clinical examination that included anthropometric and body composition measurements, muscle biopsies (vastus lateralis) subcutaneous fat biopsies anda blood draw. All samples provided sufficient amplified RNA for microarray analysis. Total RNA was extracted from the biopsy samples and amplified for analysis. RESULTS: Of the 48,687 transcript targets queried, 39.4% were detectable in a least one of the studied tissues. Leptin was not detectable in lymphocytes, weakly expressed in muscle, but overexpressed and highly correlated with BMI in subcutaneous fat. Another example was GLUT4, which was detectable only in muscle and not correlated with BMI. Expression level concordance was 0.7 (p< 0.001) for the three tissues studied. CONCLUSIONS: We demonstrated the feasibility of carrying out simultaneous analysis of gene expression in multiple tissues, concordance of genetic expression in different tissues, and obtained confidence that this method corroborates the expected biological relationships among LEPand GLUT4. TheGEMM study will provide a broad and valuable overview on metabolic diseases, including obesity and type 2 diabetes.